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门，对孙士毅派来的人说蔡伯多禄不在澳门。孙士毅不信邪，很快就找到了运送蔡伯多禄逃亡澳门的船夫，船夫称看到蔡伯多禄进了澳门方济各修道院。10月3日，孙士毅再派人到澳门索人，可是蔡伯多禄已经乔装打扮，藏到了奥古斯丁修道院。
孙士毅很快意识到，从正常的渠道要想抓住蔡伯多禄基本不可能，葡萄牙人一定会想方设法阻挠。要想让葡萄牙人乖乖就范，那就要断了葡萄牙人的生路。孙士毅非常清楚，澳门的食物都是依靠广州供应，只要封锁澳门，葡萄牙人就会乖乖地交出蔡伯多禄以及其他的天主教徒。孙士毅立即又派官员到澳门，非常强硬地警告葡萄牙人，如果不交出蔡伯多禄一干人马，广东就封锁澳门。
澳门的葡萄牙人之前一直搪塞孙士毅，主要是葡萄牙驻澳门总督华利亚到果阿出差去了。孙士毅的通牒下达后不久，华利亚就从果阿回到了澳门。华利亚对孙士毅的脾气秉性不了解，所以态度非常地强硬，就是坚决不交蔡伯多禄，甚至还提出一个侮辱大清帝国的理由：澳门当局不对中国逃亡者负责任，澳门是向所有人开放的，无法阻止逃亡者的入境。
华利亚的强硬激怒了孙士毅，孙士毅立即下令封锁澳门。
封锁澳门后，1784年10月26日，孙士毅给乾隆皇帝写了一份情况汇报。乾隆皇帝拿到汇报后，一看也就是一份简单的搜捕汇报。这份汇报的末尾，孙士毅写道：窃思，西洋人来广贸易，寓居商人十三行内，该商分应稽查、约束，岂容内地奸民与之交接。乃蔡伯多禄擅行出入招引，该商等置之不见不闻，一任改装越境，咎实难辞。
孙士毅为了推卸责任，将蔡伯多禄秘密帮助意大利传教士偷渡的责任，以及后来流窜到内地的责任，统统推到了行商身上，乾隆皇帝还没有老眼昏花，特地在蔡伯多禄的名字后面朱批：“此人何尚未获？”通览孙士毅写给乾隆皇帝的汇报，除了汇报材料末尾有乾隆皇帝朱批的三个字“知道了”之外，就是对蔡伯多禄的批示了，可以想象乾隆皇帝对传教士可能勾结起义回民是多么地警惕，抓住蔡伯多禄是乾隆皇帝的心愿。
封锁还在继续，澳门的食品很快就严重短缺。
华利亚这个时候依然拒不交出蔡伯多禄，甚至还假模假样地在整个澳门搜索蔡伯多禄的下落，目的是希望孙士毅能够解除对澳门的封锁。孙士毅看穿了华利亚的花招，下令继续封锁澳门。华利亚的强盗嘴脸一下子露出来了，为了解决粮食危及，公然下令驻扎在澳门的葡萄牙军队进行武装抢劫。
葡萄牙人的海盗习性很快就取得了成果。一艘正要离港的载有大米的中国船只成了他们的目标，葡萄牙军队迅速包围了船只，关押了船上的中国船员，明目张胆地将船上的大米运到了总督府的仓库。一艘船的大米无法满足危机，华利亚下令继续抢劫，凡是发现运载粮食的船只，只要经过澳门就无条件开火。
华利亚的海盗抢劫行径顿时将澳门周边海域推向了恐怖境地，往来广州黄埔港的欧美商人陷入了恐慌，当地的中国老百姓也陷入恐慌，葡萄牙军队甚至冲到老百姓家里抢劫。孙士毅毕竟是文人出身，之前也没有在部队待过，根本没有什么打仗的经验，本来蔡伯多禄逃跑已经让乾隆皇帝很生气，现在因为封锁澳门引发冲突，那样自己肯定掉脑袋。10月28日，孙士毅下令解除封锁。
孙士毅窝囊之极，乾隆皇帝再次下令全国通缉蔡伯多禄，这让孙士毅如芒在背。万般无奈之下，孙士毅只有继续跟华利亚交涉，甚至将葡萄牙驻扎澳门的所有官员都召集到修道院开现场办公会议。孙士毅的代表脑子不好使，现场就要华利亚交出蔡伯多禄，甚至当着所有澳门官员的面交给华利亚一封强硬的谕令，如果澳门当局再不交出逃犯，帝国的军队已经枕戈待旦，朝发夕至，踏平澳门。
华利亚是澳门历史上有名的死硬分子，孙士毅来硬的，这位爷偏不信邪，就是不交蔡伯多禄。这个时候，澳门的商人坐不住了，一旦商人关门停业了，华利亚的税收什么的就收不了啦。华利亚意识到问题的严重性，但是又不想交出蔡伯多禄，华利亚秘密将蔡伯多禄送到一条葡萄牙船上。10月30日夜晚，蔡伯多禄等乾隆皇帝下令通缉的要犯，在澳门码头秘密登船，天还没有亮，葡萄牙人就急匆匆开船离港，直奔亚洲老巢果阿。
跑了朝廷钦犯，孙士毅只能抓住哆罗的担保人潘振承打板子。顺势给乾隆皇帝写信：臣钦奉谕旨，遵即传唤商人带领哆罗即罗马当家同至臣署，晓以天朝法令，复宣扬皇上恩德，该哆罗觳觫跪聆，叩头认罪，商人潘文岩等在旁目击，亦十分惶悚，自称防范不严，愿求一体议罪，以冀稍赎前愆。
孙士毅提出以银子认罪的法子，源于当时乾隆皇帝的宠臣和珅提出的议罪银，只要犯罪分子交出银子，就可以免罪。潘振承这一次是出了大血，孙士毅再给乾隆皇帝汇报的时候，潘振承还不得不装孙子认罪：洋商潘文岩禀称，哆罗罗马当家住宿行中，失于防范，任由蔡伯多禄来往勾通，致有揽送洋人越境之事，非寻常玩忽可比，情愿罚银十二万两，着照所请，准其认罚。
潘振承交了议罪银，按照当时的规定，只要交纳两万到十四万两银子，什么罪过都可以免，当然造反是不行的。孙士毅将所有责任都推卸到了潘振承身上，甚至包括蔡伯多禄的逃跑。当然潘振承也交纳了快接近议罪银上线的银子才得以平安。可是孙士毅却对华利亚耿耿于怀，秘密地集结部队，准备好好地教训一番葡萄牙人。
孙士毅万万没有想到，就在葡萄牙嚣张跋扈跟帝国唱反调的时候，英格兰人的大炮在黄埔港打死了中国居民。就算自己理解为那是误伤，可是乾隆皇帝绝对不会相信英格兰人的行为是无意的，洋鬼子炮击命案会不会是他们跟葡萄牙人勾结的一个阴谋，尤其是现在欧美鬼子们将武装力量集结到了黄埔港，这是不是葡萄牙人在背后的诡计，将帝国军队拖入两线作战的困境，然后瓦解帝国军队对澳门的攻击呢？